No es la única explicación, como siempre la historia no es tan
sencilla. Hay casos de mstizaje femenino con lo que se perderían loa
pellidos indígenas, y también casos donde "por moda" y cuando los
padre no tenían apellidos (recordemos que es netamente europeo el
concepto de "apellido") bautizaban a sus hijos con apellidos españoles
(al igual que hoy se bautiza a hijos con nombres angosajones {i.e.
Irving, Kevin, etc}) o con sus propios nombres como apellidos (los
ejemplos que pones de Daniel o Hilario).

SALUDOS

Atte.